Andersson terug naar Malmö
© SC
Andersson speelde na zijn vertrek bij Malmö in 1992 achtereenvolgens voor Blackburn Rovers en Borussia Mönchengladbach, voordat hij in 1999 bij Bayern München belandde. Daar vierde hij zijn grootste successen. Andersson won in 2001 de Champions League en werd in 2000 en 2001 kampioen met Bayern. In die laatste titel had hij een groot aandeel, want op de laatste speeldag van het seizoen maakte hij tegen Hamburger SV in blessuretijd uit een vrije trap de 1-1. Hierdoor kwam het door Huub Stevens getrainde Schalke 04 een punt tekort voor het kampioenschap. Andersson won bovendien twee keer de Duitse beker, in 1995 met Gladbach en in 2000 met Bayern.